Webアプリケーション開発を行う際は、まずWebとは何かを理解する必要があります。
インターネットを使って情報を公開したり閲覧する仕組みがWebです。ただ、Webを閲覧するだけであれば、Webアプリケーションは必要ありません。
Webアプリケーションは、Webから利用するアプリケーションソフトウエアです。閲覧ではユーザーはあらかじめ作成者が準備したリンクに従ってページをめくるように準備されたWebページに移動します。

それに対し、Webページ上に準備されたソフトウエアを操作することによってユーザー毎に異なる結果を受け取ることができるのが、Webアプリケーションです。Webアプリケーションに対する言葉として、ネイティブアプリケーションがあります。
ネイティブアプリケーションは、ユーザーのPCやタブレットなどにインストールしなければ使えません。WebアプリケーションはインストールすることなくWebページを閲覧しているブラウザ上で動作する分、ユーザーに負担がかかりません。
Webアプリケーション開発では、これらの基本的なことを知っておく必要があります。

開発を行うには、Webページを構成するHTMLやCSSなどを習得しておかなければなりません。ただし、これらは閲覧ページを作成するためだけの言語です。実際にWebページ上で動作するプログラム言語を習得することで、始めてWebアプリケーションの開発が行えます。
その言語がJavaScriptです。この言語を使用することで、始めてWebページは閲覧するだけではなく、ユーザーの操作に反応して結果を返すソフトウエアとしての働きをするようになります。
HTML、CSS、JavaScriptの3つが、最低限学ぶべきスキルです。